基本的なやり方は、「グローバル設定」の(参考:fancy URLを有効にする方法)でOK。
PHPがCGIで動いている場合は、
  1. FancyURLsフォルダ内にある.htaccess以外の全てのファイルの1行目にphp実行ファイルへのパスを書き込む(例:#!/usr/local/bin/php)
    調べ方はTelnetやSSHなどでサーバにログインして、「which php」とするとパスが表示されるはず。
  2. Fancyurlsフォルダ内の全てのファイルからPATH_INFOをORIG_PATH_INFOに変換する。
  3. php.iniに、
    cgi.force_redirect=0
    cgi.fix_pathinfo=1
    を追記する。